论文查重免费服务通常会提供不同的文件格式支持，如doc、pdf等，以确保与其他软件的兼容性。在使用时，用户可以根据自己的需求选择适合的文件格式进行查重，确保兼容性。同时，一些论文查重软件也会提供插件或API接口，以便与其他软件进行集成，提高工作效率。

另外，在使用论文查重免费服务时，也要注意软件版本的更新和系统要求，及时进行软件升级以保持与其他软件的兼容性。此外，在安装和使用过程中，遵循软件提供的操作指南和注意事项，可以有效避免兼容性问题的发生，保证软件正常运行。综上所述，论文查重免费服务与其他软件的兼容性取决于软件本身的设计和更新维护，用户在使用时需留意相关兼容性问题，以确保工作顺利进行。