化学结构式知网查重的原理主要是通过将输入的化学结构式转化为数字编码，然后利用算法计算其与已知结构式的相似度。常用的算法包括Fingerprint算法、最长公共子结构算法等。通过比对相似度，可以判断输入结构式是否与已知结构式重复。

此外，化学结构式知网查重还可以利用分子指纹技术，将分子结构转化为数字指纹，再进行比对。这种方法能够更精准地判断化学结构式的相似度，提高查重的准确性和效率。总的来说，化学结构式知网查重原理是基于计算机算法对化学结构进行比对，以实现查重功能。